患阻塞性睡眠呼吸暂停综合征时，由于反复发作的低血氧、高碳酸血症，可致神经功能失调，儿茶酚胺、内皮素及肾素-血管紧张素系统失调，内分泌功能紊乱及血液动力学改变，造成全身多器官多系统损害，严重影响人体健康。其危害主要表现在以下几个方面。
(1)高血压病：睡眠呼吸暂停综合症是高血压发生和发展的重要因素，至少30％的高血压患者合并阻塞性睡眠呼吸暂停综合征，45％～48％的睡眠呼吸暂停综合症患者有高血压。这种高血压失去正常昼夜节律的变化，多表现为早晨醒来时血压高，用药物不易控制，治疗睡眠呼吸暂停综合症后多可恢复正常。
(2)冠心病：经冠状动脉造影显示有单支或多支冠状动脉狭窄的冠心病患者，有35％合并睡眠呼吸暂停综合症，此类患者心绞痛多在夜间发作，服用硝酸甘油类药物不能缓解，而治疗睡眠呼吸暂停综合症后能缓解。
(3)心力衰竭：睡眠呼吸暂停综合症可引起或加重心脏病患者的心力衰竭，主要原因为呼吸暂停造成心肌缺血、缺氧和胸腔内压力改变，使心脏负荷加重，心输出量下降。有患者因反复发生急性左心衰住院治疗，后经多导睡眠图检查，诊断为重度睡眠呼吸暂停综合症，经持续正压通气治疗后，心功能很快恢复。
(4)心律失常：约80％的睡眠呼吸暂停综合症患者有明显的心动过缓，57％～74％的患者出现室性早搏，10％的患者发生二度房室传导阻滞。这种心律失常是引起患者猝死的主要原因。故对心律失常者，应想到是否患有睡眠呼吸暂停综合症。
睡眠呼吸暂停综合症是一组有潜在致死危险的睡眠呼吸障碍疾病，易并发心律失常、高血压、甚至呼吸衰竭、猝死。有人估计全世界每天有3000人死于本病。Thorpy对269例患者随诊，7年内死亡43例，占16％，其中71％死于心血管疾病。据报道未治疗的患者，5年病死率为11％～13％，呼吸暂停指数＞20者，8年死亡率为37％，而呼吸暂停指数＜20者，死亡率仅4％。Partinen回顾分析198例患者，仅做减肥治疗的127人，5年死亡率达11％。因此有效治疗可以提高患者的生活质量，延长生命。
阻塞性睡眠呼吸暂停综合征可以合并蛋白尿或肾病综合征，引发肾功能损害的原因是由于患者上气道关闭，胸腔负压增高，右心回流增加，缺血，肺血管收缩，右心负荷加大，导致右心房扩张，刺激心房利钠因子分泌增加，肾肾近端肾小管钠重吸收率降低，尿渗透压和肾小管浓缩功能降低。其临床表现为夜尿增多和浮肿，严重者可出现肾功能不全的一系列表现。
随血氧饱和度降低，脑电图常出现觉醒图形，表现为非快速眼动睡眠，而快速眼动期睡眠减少等睡眠结构紊乱导致睡眠效率降低。可有入睡前幻觉、无意识行为，入睡后肢体抽搐、痉挛等。由于缺氧和循环障碍引起的脑损害可造成智力减退、记忆力下降和性格改变等。
(1)认知功能障碍：病人的认知功能全面受到影响，其中以注意力、集中力、复杂问题的解决能力和短期记忆损害最为明显。阻塞性睡眠呼吸暂停综合征病人的警觉性降低，增加了机动车事故的发生率。阻塞性睡眠呼吸暂停综合征患者中的大多数人在驾驶时有睡着现象，54％在驾驶中睡着发生车祸。这些患者自诉在开车时经常打盹，有时撞在树上，有时撞在墙上，或撞伤行人，常常不得不把车停下来清醒一会，而且在高速公路上开车更易打瞌睡。一般来说，阻塞性睡眠呼吸暂停综合征病情越重，发生车祸的危险越高，因此应及时治疗。
(2)精神障碍：其中以抑郁、焦虑、疑病等症状为著。56％的病人有抑郁，38％有疑病，29％有转换性癔病。也有个别病人表现有单纯型类偏执狂精神病、躁狂性精神病等。行为异常也不少见，如睡眠中不安稳，手脚乱动，有时还会出现梦游现象。
血氧过低可刺激肾脏，分泌红细胞生成素，引起继发性红细胞增多症，导致血黏度增加，血流缓慢，脑血栓的机会增多。另可加速动脉粥样硬化，使血管性疾病发生增加。
垂体前叶分泌的生长素主要是在快速眼动睡眠期间释放出来，患有阻塞性睡眠呼吸暂停的病儿，由于快速眼动睡眠的减少，生长激素的释放有不同程度减少，是影响病儿生长发育缓慢的因素之一。
睡眠呼吸暂停患者可出现性功能障碍，原因有以下几个方面：
①低氧血症和高碳酸血症使大脑功能损伤，中枢兴奋性下降，性活动受抑制；
②该病患者反应能力、注意力、观察力均下降，在性交时难以达到高潮，持续时间短；
③引起性器官缺氧和雄性激素生成障碍。